وكان شوقي بنيوب عضوا ضمن المجلس الاستشاري لحقوق الإنسان منذ 2002، إذ ترأس مجموعة العمل المكلفة بالحماية والتصدي للانتهاكات.
كما ترأس بنيوب، الولاية الثانية للمجلس بعد التعديل 2007- 2011، مجموعة العمل المكلفة بدراسة التشريعات والسياسات العمومية. وهو عضو سابق بهيئة الإنصاف والمصالحة.
وكما شغل الراحل قيد حياته منصب “عضو سابق بهيئة الإنصاف والمصالحة” ورئاسة المنظمة المغربية لحقوق الإنسان.